En el mes de julio del 1990, mediante el Decreto núm. 245, se crea el Patronato del Acuario Nacional, con personalidad jurídica y patrimonio propio. Este Patronato, conformado por personas e instituciones señaladas por el Poder Ejecutivo, tendría entre sus atribuciones, coordinar junto con la Dirección del Acuario Nacional, las actividades científicas y educativas efectuadas por la entidad.
En ese mismo año se integran a dicho Patronato el Centro de Investigación de Biología Marina, dependencia de la Facultad de Ciencias de la Universidad Autónoma de Santo Domingo, mediante el Decreto núm. 385-90 y el Museo Nacional de Historia Natural, con el Decreto núm. 515-90.
En el año 2000, se promulgó la Ley núm. 64-00 que crea la Secretaría de Estado de Medio Ambiente y Recursos Naturales, hoy Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales, y se adscribe el Acuario Nacional a este organismo, pero conservando la autonomía funcional, jurisdiccional y financiera, así como patrimonio y personalidad jurídica propia.
Esta misma Ley creó el Consejo Directivo para dicha institución, presidido por el Ministro de Medio Ambiente y Recursos Naturales, conformado y reglamentado mediante Decreto del Poder Ejecutivo.
Ser reconocida como una institución comprometida con la educación ambiental y la investigación científica para la protección y conservación del medio marino y su biodiversidad.
El Consejo Directivo del Acuario Nacional, conforme al Decreto Núm. 166-01, del 31 de enero de 2001, estará compuesto por las siguientes personas:
1. Dr. Frank Moya Pons, Secretario de Estado de Medio Ambiente y Recursos Naturales, quien lo presidirá.
2. Arq. Pedro A. Borrell.
3. Lic. Franciso Geraldes.
4. Ing. Ricardo Amiama.
5. Lic. Luis José Cabral.
6. Lic. Federico Schad.
7. Lic. Ramon Prieto.
8. Ing. Carlos Ramírez.
9. Jefe de Estado Mayor de la Marina de Guerra (ex-oficio)
10. Director Centro de Investigaciones de Biología Marina de la Universidad Autónoma de Santo Domingo (CIBIMA-UASD). ex-oficio