En el mes de julio del 1990, mediante el Decreto núm. 245, se crea el Patronato del Acuario Nacional, con personalidad jurídica y patrimonio propio. Este Patronato, conformado por personas e instituciones señaladas por el Poder Ejecutivo, tendría entre sus atribuciones, coordinar junto con la Dirección del Acuario Nacional, las actividades científicas y educativas efectuadas por la entidad.
En ese mismo año se integran a dicho Patronato el Centro de Investigación de Biología Marina, dependencia de la Facultad de Ciencias de la Universidad Autónoma de Santo Domingo, mediante el Decreto núm. 385-90 y el Museo Nacional de Historia Natural, con el Decreto núm. 515-90.
En el año 2000, se promulgó la Ley núm. 64-00 que crea la Secretaría de Estado de Medio Ambiente y Recursos Naturales, hoy Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales, y se adscribe el Acuario Nacional a este organismo, pero conservando la autonomía funcional, jurisdiccional y financiera, así como patrimonio y personalidad jurídica propia.
Esta misma Ley creó el Consejo Directivo para dicha institución, presidido por el Ministro de Medio Ambiente y Recursos Naturales, conformado y reglamentado mediante Decreto del Poder Ejecutivo.
Ser reconocida como una institución comprometida con la educación ambiental y la investigación científica para la protección y conservación del medio marino y su biodiversidad.