Los inicios de la Escuela de Graduados de Altos Estudios se remontan al año 1996, cuando ante la necesidad de elevar el nivel académico de los Oficiales Superiores de las Fuerzas Armadas en los aspectos básicos generales, operacionales y estratégicos, así como en lo concerniente a las ideas centrales de las ciencias sociales, el Instituto Militar de Educación Superior (IMES), entendió necesaria la creación del Curso de Altos Estudios Estratégicos, identificando la necesidad de aumentar el nivel educativo para reforzar los conocimientos, ante la expansión alcanzada por la sociedad, de manera que civiles y militares, futuros dirigentes de la sociedad, se ajustasen adecuadamente al rápido avance tecnológico, económico y cultural que experimenta el mundo.
En el año 2000, se crea el Instituto de Altos Estudios para la Defensa y Seguridad Nacional (IAEDESEN), con su ubicación en el Ministerio de las Fuerzas Armadas, lugar donde en la actualidad funciona con el nombre de Escuela de Graduados de Altos Estudios, dependiente del Instituto Superior para la Defensa (INSUDE), el cual es el órgano rector de la educación superior de las Fuerzas Armadas Dominicanas, donde se imparten los programas de Maestrías en Defensa y Seguridad Nacional y de en Especialidad en Geopolítica.